Три вида растений, включённых в Красную Книгу Туркменистана, произрастают на территории Капланкырского государственного заповедника и находятся под охраной его специалистов. Это солянка хивинская, мягкоплодник критмолистный и песчаная акация Эйхвальда.
Солянка хивинская издавна свойственна плато Устюрт. Этот полукустарник высотой около полуметра, произрастает как единично, так и в зарослях, на самом плато и в Сарыкамышской впадине. Цветёт солянка в июле, плодоносит в сентябре. Она является для территории северного Туркменистана реликтовым видом, дошедшим до нас из прошлых эпох.
А вот представитель растений семейства бобовых − песчаная акация, хотя и может достичь довольно внушительной высоты, но здесь представляет собой небольшое деревце, произрастающее на песках и каменистых и глинистых склонах. Её часто можно встретить на побережье Сарыкамыша. Цветёт она в апреле, а нераскрывающиеся бобы поспевают в июне. Песчаная акация, кроме прочего, ценна и тем, что может использоваться для закрепления подвижных песчаных барханов. Старики говорят, что в прошлом её стволы использовали для крепления стен пустынных колодцев, а корни − для приготовления натуральной краски.
В старом сухом русле Амударьи, в живописном каньоне Мерген-ашан или на Ботендаге, растёт красивый полукустарник − мягкоплодник критмолистный. Из-за пищевой и лекарственной ценности, обусловленной высоким содержанием полезных веществ и витаминов, а также из-за красных сочных ягод, некоторые его называют ещё туркменской клюквой. Цветёт мягкоплодник с мая по июнь, а плодоносит в летнее время. Он тоже является реликтовым растением. В народе это растение особо почитают за удивительную способность к выживанию и в палящий зной, и в нередкие для этих мест крепкие морозы.
Флора расположенного на северо-западе Туркменистана Капланкырского заповедника, по словам специалистов, данным, включает 400 видов растений из разных родов и семейств, в том числе и эндемиков. Они последовательно изучаются сотрудниками заповедника, которые также проводят большую работу по сохранению растений и распространению некоторых их видов в культурной зоне Дашогузского велаята.